デュアルブート環境は、OSを入れ替えたときにブートローダーの書換えなど面倒な問題があります。それなら、起動するハードディスク自体を切り替えればいいという考え方もあります。そこでハードディスク切替器の登場です。
一番単純なやり方は、ハードディスクへの給電をオン・オフする方式です。SATAはそれぞれ独立しているので、スイッチで給電するHDDを切り替えてやれば、起動するOSを選択できます。
面倒なのは、IDEで接続したHDDです。マザーボードやBIOSによっては、スレーブから起動しなかったり、特定のOSがインストールできない事態が想定されます。
マスターとスレーブの2台を切り替えるには、ドライブ背面のジャンパピンの設定変更が必要な場合があります。IDE対応の切替器には、それ用のコードがついている機種もありますが・・・
2台のHDDをプライマリーとセカンダリーのマスターに設定しておけば、給電だけでOSを切り替えできると思います。問題は、スレーブ接続したCDRなどの機器が動くかどうかです。
構成に応じて切替器をオーダーメイドしてくれるところもあるようですが、お値段がちょっと・・・
切替器でOSを選択するなら、SATA接続のHDDを使うのが賢明な選択でしょうね。単純に給電だけで制御する切替器は、2,000円前後からあります。
パーツを買ってきて自作してもそのくらい掛かるから、市販品をそのまま使うか、流用して改造したほうが手っ取り早そうです。
それ以外に、リムーバルタイプのHDDを使って、起動するOSをHDDごと入れ替える方法がありますが、内蔵型の3.5インチよりも高くつきます。
ほかのPCで動くわけではないから、リムーバブルにする意味はなさそうです。入れ替えて使うのならデータディスクですね。